Tras su ordenación sacerdotal, fue nombrado director de huéspedes y se encargó de la hospitalidad de la abadía. Cuando los frailes franciscanos establecieron una pequeña ermita en las afueras de Coimbra dedicada a San Antonio de Egipto, Fernando sintió el deseo de unirse a ellos.
Finalmente, Fernando recibió permiso para abandonar la abadía y unirse a la nueva orden franciscana. Cuando fue admitido, cambió su nombre por el de Antonio.
Antonio viajó entonces a Marruecos para difundir la verdad de Dios, pero enfermó gravemente y fue llevado de vuelta a Portugal para recuperarse. El viaje de regreso se interrumpió y el grupo llegó a Sicilia, desde donde partió hacia Toscana. Antonio fue destinado a la ermita de S. Paolo después de que los frailes locales consideraran su salud.
Cuando se recuperó, Antonio se dedicó a rezar y estudiar.
Algún tiempo después, los frailes dominicos vinieron a visitar a los franciscanos y hubo confusión sobre quién daría la homilía. Los dominicos eran conocidos por su predicación, así que los franciscanos supusieron que ellos proporcionarían un homilista, pero los dominicos supusieron que los franciscanos proporcionarían uno. Fue entonces el líder de la ermita franciscana quien pidió a Antonio que hablara de lo que el Espíritu Santo le dijera que hablara.
Aunque trató de oponerse, Antonio pronunció una homilía elocuente y conmovedora que impresionó a ambos grupos. Pronto llegaron noticias de su elocuencia a Francisco de Asís, que desconfiaba mucho del compromiso de la hermandad con una vida de pobreza. En Antonio, sin embargo, encontró un amigo.
En 1224, Francisco confió a Antonio los estudios de sus frailes. Antonio tenía un libro de salmos que contenía notas y comentarios para ayudarse cuando enseñaba a los alumnos, y en una época en la que aún no se había inventado la imprenta, lo apreciaba mucho.
Cuando un novicio decidió abandonar la ermita, robó el precioso libro de Antonio. Cuando Antonio descubrió que había desaparecido, rezó para que lo encontraran o se lo devolvieran. El ladrón devolvió el libro y, en un paso más, lo devolvió también a la Orden.
El libro se conserva hoy en el monasterio franciscano de Bolonia.
De vez en cuando, Antonio enseñaba en las universidades de Montpellier y Toulouse, en el sur de Francia, pero se desempeñaba mejor como predicador.
Tan sencilla y rotunda era su enseñanza de la fe católica, que los iletrados y los inocentes podían entender sus mensajes. Por eso fue declarado Doctor de la Iglesia por el Papa Pío XII en 1946.
Una vez, cuando San Antonio de Padua intentó predicar el verdadero Evangelio de la Iglesia católica a los herejes que no le escuchaban, salió a predicar su mensaje a los peces. Esto no fue, como los liberales y naturalistas han tratado de decir, para la instrucción de los peces, sino más bien para la gloria de Dios, la alegría de los ángeles, y el alivio de su corazón. Cuando los críticos vieron que los peces empezaban a cosechar, se dieron cuenta de que también debían escuchar lo que Antonio tenía que decir.
Sólo tenía 35 años cuando murió y fue canonizado menos de un año después por el Papa Gregorio IX. Tras la exhumación, unos 336 años después de su muerte, se encontró su cuerpo corrompido, pero su lengua estaba totalmente incorrupta, tan perfectas eran las enseñanzas que se habían formado en ella.
Se le suele representar con un libro y el Niño Jesús, y hoy en día se le conoce comúnmente como el Buscador de Artículos Impíos.
San Antonio es venerado en todo el mundo como patrón de los objetos perdidos, y se le atribuyen muchos milagros relacionados con personas perdidas, objetos perdidos e incluso posesiones espirituales perdidas.