Die Gemeinde liegt an der Mosel etwa auf halber Strecke zwischen Trier und Koblenz.
Im Jahr 1097 wurde Sankt Aldegund als Sanctam Aldegundis erstmals urkundlich erwähnt. Dass der Ort bereits in römischer Zeit besiedelt war, weiß man von den Fundamenten einer römischen Villa Rustica südlich des Ortes sowie von einem 1953 bei Weinbergs Arbeiten ausgegrabenen Frauengrab aus der Zeit Konstantins des Großen (Kaiser von 306 bis 337 n. Chr., in frühchristlicher Zeit). Das Grab förderte auch wertvolle Beigaben aus Glas und Keramik zutage, darunter eine blaue Glasschale in Form eines Schiffchens, deren feine Ausführung noch nie in einem Fund nördlich der Alpen gesehen wurde.
Namensgeberin der Gemeinde ist die merowingische Fürstentochter und Äbtissin Aldegonde (oder Aldegundis), die im 7. Jahrhundert in Maubeuge lebte und wirkte und die kurz nach ihrem Tod an Brustkrebs heiliggesprochen wurde.
Die alte Dorfschule, die bereits 1523 erwähnt wird, wurde bis 1781 als Einraumschule genutzt.
Ab 1794 lag Sankt Aldegund unter französischer Herrschaft. Im Jahre 1815 wurde es auf dem Wiener Kongress dem Königreich Preußen zugeschlagen. Seit 1946 ist es Teil des damals neu gegründeten Landes Rheinland-Pfalz. Nach dem Verwaltungsvereinfachungsgesetz vom 18. Juli 1970, mit Wirkung vom 7. November 1970, wurde die Gemeinde in die Verbandsgemeinde Zell eingegliedert.